Tak banyak diunggulkan, Madura United mampu taklukkan juara Reguler Series di semifinal, Borneo FC. Namun di final yang dilangsungkan home and away, pasukan Rahmad Basuki tak mampu menahan gempuran Persib Bandung dan takluk 6-1 secara agregat.
Prestasi di Championship Series itu membawa Madura United bermain di AFC Challenge League pada musim 2024/2025 dan diharapkan membawa hasil yang terbaik ke Tanah Air.