Peletakan batu pertama masjid dilakukan pada tahun 1997. Pembangunan fisiknya dimulai pada 1999 dan selesai pada 2001.
Sebelum pembangunan selesai, Presiden ke-3 Indonesia, B. J. Habibie, turut memberikan kontribusi berupa mimbar dan ornamen dari kayu jati.
Masjid ini kemudian diresmikan pada September 2001 oleh Menteri Agama Indonesia saat itu, Said Aqil Husin al‑Munawar.
Peresmian tersebut disambut dengan penuh kebahagiaan oleh masyarakat Bosnia. Hal ini tidak lepas dari trauma perang yang baru saja mereka lalui—sebuah masa ketika banyak masjid hancur akibat konflik.
Hingga kini, Masjid Istiklal Sarajevo menjadi pusat kegiatan keagamaan bagi umat Islam di Sarajevo.
Setiap hari, masjid ini dipenuhi oleh jamaah yang melaksanakan salat lima waktu, salat Jumat, hingga salat tarawih pada bulan Ramadan. Selain itu, masjid ini juga digunakan untuk pendidikan Islam bagi anak-anak.
Tidak hanya sebagai tempat ibadah, masjid ini juga menjadi lokasi pernikahan bagi pasangan Muslim di Bosnia. Sebagai salah satu masjid sentral di Sarajevo, berbagai program dan kegiatan resmi juga sering diselenggarakan di sini oleh Islamic Community of Bosnia and Herzegovina.
Kisah Menegangkan Presiden Soeharto ke Bosnia Saat Perang
Latar belakang berdirinya masjid ini tidak bisa dilepaskan dari tragedi Bosnian War (1992–1995).
Konflik tersebut mendorong berbagai organisasi internasional seperti Gerakan Non‑Blok dan Organisasi Kerja Sama Islam untuk melakukan diplomasi guna mencari solusi damai.
Saat itu Indonesia memegang posisi ketua Gerakan Non-Blok. Di tengah situasi perang yang masih berkecamuk, Presiden Soeharto mengambil langkah berani dengan mengunjungi Bosnia secara langsung.
Baca Juga: Menelusuri Jejak Sunan Gunung Jati di Masjid Syekh Syarif Abdurrahman Cirebon
Situasi semakin menegangkan karena sebuah pesawat milik Perserikatan Bangsa‑Bangsa ditembak jatuh di Bosnia pada 11 Maret 1995, hanya dua hari sebelum rombongan Soeharto tiba.
Pada 13 Maret 1995, sebanyak 22 delegasi Indonesia akhirnya mendarat di Sarajevo menggunakan pesawat PBB.
Demi keselamatan, seluruh rombongan diwajibkan mengenakan jaket antipeluru dan menandatangani dokumen yang menyatakan bahwa misi penjaga perdamaian PBB di Bosnia, UNPROFOR, tidak bertanggung jawab jika terjadi hal-hal di luar kendali.