Syekh Nawawi wafat di Mekkah pada tanggal 25 Syawal 1314 Hijriyah atau 1897 Masehi. Makamnya terletak di Jannatul Mu'alla, Mekkah, bersebelahan dengan makam Asma΄ binti Abû Bakar al-Siddîq, anak perempuan Sayyidina Abu Bakar Ash-Shiddiq.
Walau wafat di Jazirah Arab, warisan dan pengaruh Syekh Nawawi tetap hidup di tanah air. Setiap tahun, haul atau peringatan wafatnya selalu diadakan di Pondok Pesantren An-Nawawi Tanara, Serang.
Syekh Nawawi al-Bantani tidak hanya dikenang sebagai ulama besar, tetapi juga sebagai pejuang yang menginspirasi semangat nasionalisme dan kemerdekaan di kalangan muslim Nusantara.
Dengan lebih dari 115 karya tulis yang meliputi berbagai bidang ilmu agama, Syekh Nawawi al-Bantani telah meninggalkan warisan keilmuan yang tak ternilai.
Perjuangannya dalam melawan penjajahan dan menanamkan semangat nasionalisme melalui pendidikan telah membuktikan bahwa ilmu dan perjuangan adalah dua hal yang tidak dapat dipisahkan.***