Pada 1890, ia bergabung dengan Bhara Nuri, pemimpin pejuang Ende, dalam perang melawan Belanda.
Perang besar pun meletus. Dalam Perang Koloni I (1893–1897), yang oleh masyarakat disebut “ae mesi nuka tana lala” (air laut naik, tanah runtuh), rakyat Lio di bawah komando Mari Longa berhasil memukul mundur Belanda.
Bahkan ketika putrinya, Nduru Mari, tertembak, semangatnya tidak goyah.
Perlawanan berlanjut dalam Perang Koloni II (1898–1902). Dengan strategi gerilya, Mari Longa menggiring pasukan Belanda masuk ke hutan hingga mereka menyerah tanpa banyak korban. Belanda sempat mencoba merayu dengan janji jabatan raja, namun tak pernah menepatinya, memperlihatkan kelicikan penjajah.
Ketegangan memuncak pada Perang Koloni III (1905), ketika Belanda membakar kampung Lewagare.
Mari Longa membalas dengan serangan balik yang sengit. Setahun kemudian, dalam Perang Koloni IV, pasukan Belanda kembali terpukul setelah puluhan tentaranya gugur akibat jebakan panah otomatis di sekitar Watunggere.
Namun, pengkhianatan Belanda kembali memicu Perang Koloni V (1907).
Dalam pertempuran di depan Benteng Watunggere, Mari Longa akhirnya gugur di tangan Kapten Christoffel.
Meski demikian, semangat perlawanan yang ia nyalakan terus hidup hingga kelak membawa bangsa ini pada kemerdekaan.
Benteng Mari Longa di Desa Watunggere, Kecamatan Detukeli, Kabupaten Ende, menjadi saksi bisu keberanian itu.
Berjarak sekitar 62 kilometer dari Kota Ende, benteng ini dulu menjadi pusat pertahanan rakyat Lio. Kini, meski hanya tersisa puing-puing berupa susunan kayu dan batu, jejaknya masih jelas terlihat.
Di dalamnya terdapat tumpukan batu yang menjadi makam para pejuang. Benteng ini kini dijaga sebagai cagar budaya dan destinasi wisata sejarah, simbol perlawanan yang patut dikenang dan dilestarikan.
Upaya Pengakuan sebagai Pahlawan Nasional
Pemerintah Kabupaten Ende hingga kini terus memperjuangkan pengakuan Mari Longa sebagai pahlawan nasional.
