Ketika VOC bangkrut di tahun 1799, wilayah ini lekas langsung dikuasai Kerajaan Belanda dan berganti nama menjadi Hindia Belanda, pemerintahannya dipimpin seorang Gubernur Jenderal.
Kekuasaan Hindia Belanda mencapai wilayah teritorial terbesarnya pada awal abad ke-20 dengan pendudukan Nugini Barat.
Hindia Belanda adalah salah satu koloni paling berharga di bawah kekuasaan Eropa, meskipun keuntungannya bergantung pada tenaga kerja eksploitatif pada orang pribumi.
Koloni ini memberikan kontribusi terhadap keunggulan global Belanda dalam perdagangan rempah-rempah dan tanaman komersial pada abad ke-19, serta eksplorasi batu bara dan minyak pada abad ke-20.
Tatanan sosial kolonial sangat rasial dengan elit Belanda yang hidup terpisah dari tetapi terkait dengan subjek asli mereka.
Sementar Istilah “Indonesia” secara lokasi geografis mulai dikenal sejak 1880.
Pada awal abad ke-20, para kaum intelektual terpelajar menganggap Indonesia sebagai negara bangsa , yang menyiapkan panggung untuk gerakan kemerdekaan.
Baik pemuda intelektual dari Sumatera, Jawa, Kalimantan, Sulawesi dan kepulauan lainnya, mereka bersatu padu menyatakan kebangsaan Indonesia di atas wilayah Hindia Belanda melalui Sumpah Pemuda di tahun 1928.
Pendudukan Jepang pada Perang Dunia II menghancurkan sebagian besar negara dan perekonomian kolonial Belanda.
Setelah Jepang menyerah pada tanggal 15 Agustus 1945, para pemimpin nasionalis Indonesia Sukarno dan Hatta mendeklarasikan kemerdekaan , yang memicu Revolusi Nasional Indonesia .
Belanda, yang ingin membangun kembali kendali atas kepulauan tersebut, menanggapi dengan mengerahkan sekitar 220.000 tentara, yang melawan kaum nasionalis Indonesia.
Amerika Serikat mengancam akan menghentikan bantuan keuangan untuk Belanda di bawah Marshall Plan jika mereka tidak setuju untuk menyerahkan kedaulatan kepada Indonesia, yang menyebabkan pengakuan Belanda atas kedaulatan Indonesia pada Konferensi Meja Bundar Belanda-Indonesia tahun 1949.
Indonesia menjadi salah satu negara terdepan dalam gerakan kemerdekaan Asia setelah Perang Dunia II .
Selama revolusi dan setelah kemerdekaan Indonesia, hampir semua warga negara Belanda dipulangkan ke Belanda.
Pada tahun 1962, Belanda menyerahkan wilayah kekuasaan terakhir mereka di Asia Tenggara, Nugini Belanda ( Nugini Barat ), kepada Indonesia berdasarkan ketentuan Perjanjian New York .
