Jadwal keberangkatan yang tersedia menunjukkan kereta berangkat sekitar pukul 21.10 WIB.
Kereta kemudian melewati Bekasi, Karawang, Cirebon, Purwokerto, Kroya, Kebumen, Kutoarjo, dan Yogyakarta.
Setelah melewati Solo Balapan, kereta melanjutkan perjalanan menuju Sragen, Walikukun, Magetan, dan akhirnya Madiun.
Karena perjalanan berlangsung malam hingga dini hari, penumpang perlu memperhatikan tanggal kedatangan.
Jadwal KA Madiun Jaya Pasar Senen–Madiun:
- Pasar Senen: berangkat 21.10 WIB
- Bekasi: tiba 21.32 WIB, berangkat 21.34 WIB
- Karawang: tiba 22.02 WIB, berangkat 22.12 WIB
- Cirebon: tiba 23.54 WIB, berangkat 23.59 WIB
- Purwokerto: tiba 01.44 WIB, berangkat 01.49 WIB
- Kroya: tiba 02.12 WIB, berangkat 02.14 WIB
- Kebumen: tiba 02.46 WIB, berangkat 02.48 WIB
- Kutoarjo: tiba 03.08 WIB, berangkat 03.11 WIB
- Yogyakarta: tiba 03.57 WIB, berangkat 04.02 WIB