- Walikukun: tiba 08.31 WIB, berangkat 08.33 WIB
- Sragen: tiba 08.50 WIB, berangkat 08.52 WIB
- Solo Balapan: tiba 09.15 WIB, berangkat 09.18 WIB
- Yogyakarta: tiba 10.00 WIB, berangkat 10.03 WIB
- Kutoarjo: tiba 10.49 WIB, berangkat 10.54 WIB
- Kebumen: tiba 11.15 WIB, berangkat 11.17 WIB
- Kroya: tiba 11.50 WIB, berangkat 11.52 WIB
- Purwokerto: tiba 12.14 WIB, berangkat 12.19 WIB
- Cirebon: tiba 14.07 WIB, berangkat 14.12 WIB
- Karawang: tiba 15.58 WIB, berangkat 16.10 WIB
- Bekasi: tiba 16.37 WIB, berangkat 16.39 WIB
- Pasar Senen: tiba sekitar 17.04 WIB
Jadwal tersebut merupakan pola jadwal yang dipublikasikan untuk KA Madiun Jaya setelah penyesuaian jadwal.
Jadwal KA Madiun Jaya Pasar Senen–Madiun
Untuk arah sebaliknya, KA Madiun Jaya berangkat dari Stasiun Pasar Senen pada malam hari.