Penting untuk dicatat bahwa penggunaan bendera ini sempat menjadi isu hukum dan politik yang sensitif, terutama terkait dengan status bendera tersebut sebagai simbol gerakan separatis.
Namun, melalui kesepakatan damai antara pemerintah Indonesia dan GAM, bendera ini kemudian diakui sebagai simbol daerah Aceh.***