Pada tahun 1999, terjadi bentrokan antara warga, karyawan, dan aparat keamanan hingga menimbulkan korban jiwa.
Akibatnya, Presiden BJ Habibie memerintahkan penghentian sementara operasional dan melakukan audit lingkungan.
Di era Presiden Abdurrahman Wahid, perusahaan kembali dinyatakan harus ditutup atau direlokasi.
Namun, tekanan dari investor asing membuat pemerintah mengeluarkan izin operasi kembali pada tahun 2000 dengan catatan bahwa produksi rayon dihentikan.
Setelah periode konflik yang panjang, perusahaan menghentikan operasi pada tahun 2000.
Dalam RUPS tanggal 15 November 2000, nama perusahaan resmi diubah menjadi PT Toba Pulp Lestari Tbk sebagai bagian dari restrukturisasi besar-besaran.
Operasional pabrik kembali berjalan pada tahun 2003 dengan klaim penggunaan teknologi ramah lingkungan.
Hingga kini, PT Toba Pulp Lestari memproduksi pulp eukaliptus untuk pasar domestik dan internasional.
Kepemilikan PT Toba Pulp Lestari
Struktur kepemilikan perusahaan berubah beberapa kali selama perjalanannya., dimana pendiri awalnya yaitu Sukanto Tanoto
Kemudian pada tahun 2007, Saham mayoritas diambil alih Pinnacle Company Pte. Ltd.
Lalu pada tahun 2025, kepemilikan kembali bergeser ke Allied Hill Limited, perusahaan investasi berbasis Hong Kong yang sepenuhnya dimiliki oleh Everpro Investments Limited milik pengusaha Joseph Oetomo.
Allied Hill mengakuisisi 92,54% saham INRU melalui transaksi senilai Rp555,8 miliar dengan harga Rp433 per saham, sementara 7,58% sisanya tetap menjadi milik publik.
Hingga kini belum ada berita yang valid, apakah perusahaan ini menjadi salah satu biang kerok bencana banjir dan tanah longsor di Sumatra.
Namun, masih santer di media sosial, tentang keberadaan perusahaan ini yang dituding sebagai penyebab bencana tersebut.