Akhirnya, Amin al-Husaini terpaksa melarikan diri ke Italia untuk menghindari otoritas Inggris dan Prancis, lalu ke Jerman.
Sejak awal Perang Dunia II, Jerman menawarkan perlindungan dari kekuatan kolonial Inggris dan Zionis.
Pada 6 September 1944, dari Berlin, ia mengumumkan dalam bahasa Arab melalui Radio Berlin pengakuan dan dukungan Palestina terhadap kemerdekaan Indonesia, yang disiarkan berulang selama dua hari. Surat kabar harian Al-Ahram juga memuat berita tersebut.
Sebelumnya, pada 1926, Raja Ibn Saud dari Arab Saudi mengadakan kongres Muslim di Mekkah yang melahirkan organisasi World Muslim Congress, di mana al-Husaini menjadi tokoh penting dan akhirnya memimpin organisasi tersebut.
Ia pernah menempuh pendidikan di sekolah Islam yang sama dengan Hasyim Asy’ari—pendiri Nahdlatul Ulama (NU) sekaligus kakek Presiden ke-4 RI Abdurrahman Wahid.
Hasyim Asy’ari berkorespondensi dengan al-Husaini dan menerima salinan telegramnya kepada Perdana Menteri Jepang yang menekan agar kemerdekaan Indonesia segera diberikan, sesuai janji Kaisar Jepang.
Setelah itu, al-Husaini menggunakan pengaruhnya untuk melobi negara-negara Timur Tengah agar mengakui kemerdekaan Indonesia, termasuk menghubungkan Indonesia dengan Raja Farouk dari Mesir.
Mesir kemudian menjadi negara pertama di dunia yang mengakui kemerdekaan Indonesia pada 22 Maret 1946 dan melobi negara Arab lainnya untuk melakukan hal yang sama.
Ia melobi dua tokoh Liga Arab, yaitu PM Mesir Mahmoud Fahmy el-Naqrasyi dan Menlu Mesir Abdulrachman Azzam Pasya, yang memiliki hubungan dekat dengan aktivis kemerdekaan Indonesia di Kairo.
Pada 16 Oktober 1945, di Kairo, digelar pertemuan di Gedung Organisasi Pemuda Islam yang dihadiri para pemimpin Arab, akademisi, dan aktivis, yang kemudian membentuk Lajnah al-Difa’ ‘an Istiqlal Indonesia (Komite Pembela Kemerdekaan Indonesia).
Mereka mengeluarkan resolusi tujuh poin, termasuk menyerukan dukungan bagi kemerdekaan Indonesia, mendorong pengakuan resmi, dan menekan Inggris agar tidak membantu Belanda.
Pada 18 November 1946, al-Husaini menghubungi Wakil Menteri Luar Negeri Indonesia, Muhammad Rasjid, untuk menyampaikan bahwa negara-negara Arab sepenuhnya mendukung kemerdekaan Indonesia.
Ia juga mengutus Konsul Jenderal Mesir di Bombay, Muhammad Abdulmunim Mustapha, terbang ke Indonesia dan bertemu Presiden Soekarno pada 15 Maret 1947 dengan membawa surat resmi bahwa semua negara anggota Liga Arab mengakui kemerdekaan Indonesia.***